Polovica celkovej peňažnej odmeny vo výške 11 miliónov švédskych korún
(milión eur) pôjde Bakerovi a druhá polovica britským vedcom.
Chemici sa viac než polstoročie snažili odvodiť si trojrozmernú
štruktúru bielkoviny zo sekvencie aminokyselín. Vedcom z výskumného
laboratória umelej inteligencie (AI) spoločnosti Google sa teraz
podarilo využiť AI na predvídanie štruktúry takmer všetkých známych
bielkovín na Zemi, ktorých je 200 miliónov.
Kód pre umelú inteligenciu AlphaFold2, ktorý spoločnosť Google sprístupnila verejnosti, nazvala švédska vedecká akadémia "zlatou baňou pre vedcov". AlphaFold2 doteraz využili viac než dva milióny ľudí zo 190 krajín.
"Predtým často trvalo celé roky zistiť štruktúru bielkoviny - ak sa to vôbec podarilo. Teraz sa to dá urobiť za pár minút,"
uvádza Kráľovská akadémia vied. Pripúšťa, že model AI nie je dokonalý,
ale dokáže odhadnúť pravdepodobnosť, do akej miery je ním vytvorená
štruktúra správna.
Davidovi Bakerovi sa zas podarilo to, čo mnohí vedci donedávna
považovali za nemožné: vytvoriť úplne nové bielkoviny s celkom novými
funkciami.
Podarilo sa mu to s pomocou počítačového programu Rosetta na predvídanie
štruktúr bielkovín, ktorý predstavil v roku 1998. Neskôr sa rozhodol
vyskúšať s programom opačný proces: namiesto zadávania sekvencií
aminokyselín s cieľom získať štruktúru bielkoviny bolo jeho úlohou
prostredníctvom zadanej požadovanej proteínovej štruktúry získať návrhy
na aminokyselinovú sekvenciu a vytvoriť tak novú bielkovinu.
Bakerova výskumná skupina nakreslila bielkovinu s úplne novou štruktúrou
a nechala program Rosetta spočítať, ktorý typ sekvencie aminokyselín by
mohol viesť k požadovanému proteínu. Rosetta prehľadala databázu
všetkých známych proteínových štruktúr a hľadala krátke fragmenty
bielkovín, ktoré mali podobnosť s požadovanou štruktúrou. Tieto
fragmenty potom optimalizovala a navrhla sekvenciu aminokyselín. Tak sa
ukázalo, že Rosetta dokáže skonštruovať novú bielkovinu.
Dovtedy sa vedcom podarilo iba napodobniť existujúce štruktúry
bielkovín. Proteín vytvorený Rosettou však bol jedinečný, niečo také sa v
prírode nevyskytovalo. So svojimi 93 aminokyselinami bol zároveň
najväčším proteínom vytvoreným de novo.
Baker kód pre Rosettu sprístupnil, takže vedci program ďalej vyvíjajú a
nachádzajú preň ďalšie oblasti využitia, dodala Kráľovská akadémia vied.